در ماده 3- بند ((ت)) به جهت حصول اطمینان و شفاف تر شدن معنی استنباطی(( قلمرو کشور)) و نظارت در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و مرزهای دریای  به ((کنترل و نظارت بر امر عبور کالا از قلمرو کشور)) اضافه شود.
درماده 8- در ماده (11)، واژه «روشهاي» به صورت واژه «كنترل‌هاي» اصلاح و متن زیر به عنوان تبصره به ماده مذکور الحاق می¬شود:
«تبصره- گمرك جمهوری اسلامی ايران مكلف است با رعايت ماده (8) قانون تشكيل و اداره مناطق ويژه اقتصادي جمهوری اسلامی ایران مصوب 1384 و ماده (14) قانون چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري- صنعتي جمهوری اسلامی ایران مصوب 1372 در كليه مبادي ورودي و خروجي اين مناطق به منظور اعمال مقررات استقرار يابد.»
اضافه شود (( ارائه آمار کالاهای وارده به مناطق ویژه و آزاد توسط گمرک تدوین شود ))

در ماده 9- در ماده (12)، عبارت «يا در مكان ديگري به تشخيص گمرك» به عبارت «يا به تشخيص گمرك در مكان ديگري» اصلاح و عبارت «همچنین این سازمان‌ها برای انجام کنترل‌های خود و تسریع و تسهیل باید از شیوه‌هایی نظیر مدیریت خطر، به‌کارگیری تجهیزات کنترلی نامحسوس (پرتونگاری، ...) چه ((در مبادی ورودی و نقاط صفر مرزی و دو سوی ورودی و خرجی گمرکات پرتردد))و یا بازرسی‌های اتفاقی استفاده کنند. سازمان‌های کنترلی مستقر در مبادی گمرکی در امور مرتبط با رویه‌ها و تشریفات گمرکی و ساعات کار موظف به هماهنگی با گمرک مربوط می‌باشند.» به انتهاي اين ماده اضافه مي‌شود.

ماده 10- متن زير به عنوان ماده (12) مكرر الحاق مي‌شود:
در ماده 12- به منظور تسریع اجرای پنجره واحد ماده ویژه الزام به پیوستن در پنجره واحد در مقررات و آیین نامه اجرایی کلیه سازمانها و نهادهای ذیمدخل در امر تجارت دیده شود

«ماده 12 مکررـ گمرک جمهوری اسلامی ایران مکلف است به منظور افزایش همکاری و تسهیل مشارکت در ایجاد مؤثرترین روشهای کاری طبق مقررات ملی و موافقتنامه‌های بین‌المللی نسبت به برقراری و حفظ ارتباط رسمی مشورتی با پژوهشگران . تحلیلگران و جامعه تجاری  اقدام نماید.»

ماده 25-
«ماده 42 مکرر- گمرک برای اشخاص مجاز تسهیلات زیر را فراهم می‌نماید:
الف- ترخیص کالا با حداقل اسناد و اطلاعات لازم جهت تشخیص کالا و اجازه تکمیل بعدی اظهارنامه نهائی کالا
ب- انجام تشریفات در اماکن متعلق به اشخاص که گمرک مجاز اعلام نموده است که تحت نظارت گمرک است

ماده 31- در ماده (55)، عبارت «در مورد کالای اضافی نسبت به ضبط کالا و در مورد کالای کسری و مغایر، طبق مقررات قاچاق اقدام می‌شود.» به عبارت «در صورت سالم بودن مهروموم(پلمب) مراتب صورتمجلس مي‌شود تا گمرک خروجی بر اساس تبصره ماده (56) اقدام نماید. درصورت دستخوردگی مهروموم(پلمب) یا محفظه پس از بررسی محموله از سوی گمرک با ابزارهای کنترلی در اختیار، چنانچه مشخص گردید محموله منطبق با وضعیت آن به هنگام ورود به قلمرو گمرکی می‌باشد وفق صدر ماده عمل می‌گردد در غیراین‌صورت کالای اضافی ضبط و کالای کسری و مغایر طبق مقررات قاچاق اقدام می‌گردد.» اصلاح و متن زیر به عنوان تبصره (2) به ماده مذکور الحاق و تبصره قبلی به عنوان تبصره (1) تلقی می¬شود:
«تبصره 2- سازمان شاکی محمولات عبوري(ترانزیتی) در مسیرهای عبوري(ترانزیتی) کشور صرفاً گمرک بوده و اعمال ظن قوی به قاچاق در مسیرهای مذکور از طریق نیروی انتظامی براساس تبصره (1) و با حضور کارشناس گمرکی  انجام می‌پذیرد.»
تبصره: به منظور افزایش توان کارشناسی در صورت ظن به قاچاق توسط ماموران نیروی انتظامی و حصول اطمینان در ظن به قاچاق صرفا با  حضور کارشناس امور گمرکی ومطابقت محموله و اسناد صورت گیرد .

پیشنهاداتی که در صورت تایید بصورت الحاقیه لایحه اصلاحی تقدیم مجلس شود:
1-با توجه به اینکه تمامی مبادی ورودی دریایی منطقه ویژه اقتصادی می باشد و کلیه کالاهای وارداتی بدون اختیار صاحبان کالا به منطقه ویژه اقتصادی وارد و تخلیه میشود بنابراین پیشنهاد می شود:
تبصره یک ذیل ماده 6 به شرح زیر اصلاح شود:
-افزایش حقوق ورودی شامل کالاهای موجود در اماکن گمرکی و ترخیص شده نمی باشد.
"ضمنا کالای موجود در مناطق آزاد و مناطق ویژه اقتصادی پس از اظهار به گمرک در حکم کالای موجود در اماکن گمرکی است"
2-تبصره یک ذیل ماده 18 به شرح زیر اصلاح شود:
"شرکت های حمل و نقل بین المللی بهنگام تنظیم و تسلیم اظهارنامه اجمالی مسئول مغایرتهای محتویات بسته بندی های آکبند با مندرجات بارنامه نمیباشد. بار کنج های(کانتینری) بارگیری و مهر و موم شده از طرف فرستنده در حکم بسته آکبند تلقی می گردد"
3-در تبصره ذیل ماده 20 از موارد غیر قابل اصلاح، نوع کالا حذف شود و اصلاح نوع کالا هم بعد از تخلیه و قبل از صدور ترخیصیه پذیرفته شود.
4-ماده 61 مکرر(در متن لایحه اصلاحی قانون امور گمرکی که توسط گمرک تهیه و به هیئت دولت تقدیم شده است) به شرح زیر اصلاح شود:
در موارد استثنا که در مسیر عبور ظن قوی به تخلف وجود دارد و در اکثر کنترل های گمرکی اختلافی بین محموله و پروانه عبور کشف شود، در صورت مشاهده کالای همنوع مازاد بر 5 درصد یا کالای اضافه غیر همنوع، در مورد شرکت های حمل و نقل بین المللی کالای مغایر و مازاد به نفع دولت ضبط می گردد(تبصره 1 ماده 108) و در مورد سایر اشخاص مراتب صورت مجلس و جهت اجرای ماده 63 به گمرک مقصد اعلام می شود و در صورت مشاهده کسری در هر دو حالت مشمول ماده 63 خواهد شد.
5-در تبصره ذیل ماده 62 ، مهلت حداکثر تا پنج روز افزایش یابد زیرا تشریفات پیگیری و تهیه  مدارک پذیرفته شده طولانی است.
6-با توجه به اصلاح انجام گرفته در متن ماده 109 قانون امور گمرکی در پیشنهادات اصلاحی قانون توسط گمرک ایران، تبصره ذیل ماده 109 نیز میبایستی اصلاح گردد و متن زیر جایگزین متن فعلی شود:
تبصره ذیل ماده 109
-درصورتیکه پس از دریافت وجه تعهد یا تضمین و یا اعلام جرم قاچاق و قبل از صدور رای قطعی کالا یا وسیله نقلیه بطور کامل به گمرک مربوط برسد، گمرک با دریافت جریمه فوق الذکر برای استرداد تضمین و تعهد و اعلام به مراجع قضایی اقدام خواهد شد.
-با اصلاح تبصره ذیل ماده 109، تبصره 2 ذیل ماده 57 حذف می گردد و متن ذیل جایگزین می شود:
در مواردی که کالا یا وسیله نقلیه با تاخیر به گمرک مقصد برسد یا تحویل شود؛ مشمول ماده 109 و تبصره ذیل آن خواهد شد.